清光绪九年(1883年)，博物院又在徐家汇耶稣会总部南边建造了专用院舍，名字改为“徐家汇博物院”。之后，韩伯禄又去菲律宾、苏门答腊、爪哇、摩鹿加和东南亚一带采集标本。1899年韩伯禄再次去越南、柬埔寨、老挝等国考察，次年因劳累过度病倒河内，回到上海两年就去世了。他平生收藏的动植物标本数以千计，在当时远东首屈一指。遗著主要有：《南京地区河产贝类志》《陆上软体动物志》《哺乳类动物志》等。《说鹿》一书经法国有关部门批准，定为科学善本。

　　1930年，博物院又开辟新的地盘，在吕班路(今重庆南路)223号震旦大学(今上海第二医科大学)旁建造了新式楼房作为新院舍。落成后，徐家汇博物院藏品全部迁入新址，改属震旦大学管理，遂改名为“震旦博物院”。博物院藏品大多系修道院院长达维特在华北采集的生物标本和韩伯禄、柏永年在长江流域各省采集的珍奇标本，贮藏中国所产植物标本十分丰富，当时有“远东第一”之称。同时征集中国文物。院内设生物研究部和古物部，有自然标本及中国文物两大陈列室。自然标本展出动物、植物、矿石、昆虫等标本;中国文物展出青铜器、陶瓷器、玉器、钱币等。该院经常选择有特色的标本供学者研究，并在接待各国学者来院研究的同时，还分寄往世界各地供专家研究。早期免费参观，后期凭票入场，票价法币2角。1953年初，博物院由上海市文化局代表中央文化部，会同中国科学院上海办事处，办理接收手续。