后来，东书院具备了多重功用：乾隆诞辰日，清帝要到大和斋食以粳米和莲子等熬成的莲子粥和奶制点心。逢祭地日，清帝要亲临地坛主持祭地大典，后至雍和宫东书院，“岁时方泽毕事，临此园少歇，进膳更衣。从臣亦去朝服，换常服，定制也。”东书院成为清帝在雍和宫礼佛和在地坛祭地之后休息更衣之所。光绪年间，主管全国教务的喇嘛印务处曾设在东书院内。

　　东书院几遭火难

　　到了光绪二十六年（1900年），一场空前的灾难降临京城，庚子之变使贪婪的列强找到了借口，蜂拥而入的强盗大规模劫掠。由于东书院存有许多瓷器、木器、字画等宝物，因之未能幸免，被烧毁了不少房子，多处建筑成为断壁残垣，剩下的有东书院部分殿堂以及中部的几座假山，还有北部的十三间佛楼等。至光绪三十四年，大和斋等建筑又遭火灾：“东书院大和斋不戒于火，延烧殿座房间……”那些没被烧毁的假山和汉白玉的井口等，一直留存至上个世纪六七十年代。

　　至今，雍和宫藏有雍正、乾隆、光绪朝的瓷器、木器、字画以及端砚、笔筒等文房四宝，其中部分应为当年东书院劫后余生之物，抚今追昔，更显其珍贵。

　　1995年，为改善雍和宫僧人的居住条件，在东书院后延楼的位置盖起了二层仿古式新僧舍，2001年又在其西面建起了仿四合院式的僧人新校舍，余地早已成为学校、幼儿园、居民楼。昔日辉煌的东书院，连同这里发生过的许许多多的故事，早已成为历史。（李立祥）